В июне 1606 года Василия Шуйского короновали как царя Василия 4. А уже месяц спустя его правительство выдвинуло обвинение Борису Годунову в убийстве царевича.
В марте 4 годами позже в Москву прибыл родной племянник царя Михаил Скопин Шуйский, принесший новоиспеченному царю и по совместительству родному дяде победу над армией, которой командовал Болотников. Простые люди и даже бояре считали его достойным царского трона, даже несмотря на его весьма юный возраст. На тот момент ему едва исполнилось 22 года. Однако через пару дней он скоропостижно скончался. Ходили слухи, что к его смерти была причастна жена Шуйского Екатерина. Таким образом Василий Шуйский был лишен возможно самого преданного соратника.
Царская слабость привела к тому, что он был свергнут боярами и отправлен с супругой в монастырь.