Разработка АМС «Фобос» Центром им.Бабакина ориентировалась на создание базы, на которой в последующем должны были основываться миссии межпланетных перелётов. Международная кооперация в разработке научного бортового комплекса оборудования включала австрийские, болгарские, венгерские, германские, ирландские, польские, финские, французские, швейцарские, шведские, чехословацкие коллективы. Специалисты из США (дальняя космическая связь) участвовали в разработке баллистики управления межпланетными аппаратами.
Программа проекта должна была обеспечить запуски двух аппаратов («Фобосы» 1 и 2). Первым запуском (7.07.1988) был дан успешный старт программе, однако спустя два месяца (1.09.1988) связь с аппаратом была потеряна — следствие ошибочных действий оперативного штаба управления.
Старт второй миссии также был выполнен успешно (12.07.1988) и аппарат «Фобос-2» отправился в 200-дневный перелёт к Марсу. Всё время полёта выполнялись комплексные исследования и наблюдения за межпланетным пространством, Солнцем и его активностью, гамма-излучением космических тел и их скоплений — исследовательская программа была насыщенной и успешно выполнялась.
При подлёте к пункту назначения произвели теле-фотосъёмки марсианских спутников (в частности Фобоса), замеры спектральных и радиоизлучений, проанализирован планетарный атмосферный химический состав.
Однако переход к следующему этапу, включавшему максимальное сближение с Фобосом, не был осуществлён, поскольку, как и в первом случае, связь с аппаратом была утеряна и все попытки восстановления управления не были успешны.